1865年，日本京都，德川幕府创建的新撰组征选新优秀的剑手，冲田总司在考核着应征者。结果录取了一位年轻妩媚的男子加纳乡三郎和一位低级武士田代彪藏。

第二天，加纳奉命，处斩违反军规的人，加纳的平静和刚毅得到司令官近藤勇之和中尉土方岁三的赞许。

田代被加纳独特的魅力所深深吸引。不久军中传出加纳和田代关系暧昧的谣言。土方岁三察觉有异，安排二人比试剑术，剑术更加高超的加纳出乎意料地被田代打败，土方岁三确信他们之间存在同性恋关系。对于这样的关系根据组里的法度是不允许的。

秋天，新撰组副组长近藤勇和几个同伴一起去反幕府运动的发祥地声讨叛民。这期间，加纳认识了六小组队长伊能原三郎，一个过着与世无争生活，性格独特的人。来自同一个省份，有传言说实际上是他与近藤，土方岁三和冲田四个人在统治着这支军队。但伊能的击剑术并不好。

加纳与伊能一起练习击剑，遭到两个反幕府的武士的嘲笑。新选组展开调查，伊能为雪耻辱，携加纳前往复仇。新选组得知此事之后，对该客栈进行了突袭，因此落下了一个“强暴团伙”的名声。加纳后悔使新选组蒙受了耻辱。

一直被加纳美貌吸引的男子右泽度次郎诱使加纳与自己发展同性恋关系。但不久右泽度次郎莫名其妙地被杀。土方岁三命令总监山崎对此事展开了调查，却毫无进展。
　
春天到来，近藤担心同性恋会在新选组成员中盛行，授意土方岁三下令山崎给加纳找一个女人。山崎照办，却被加纳误解自己勾引他。但一个月后，加纳开始对山崎表示出友好。为了使自己远离魅力十足的乡三郎，山崎给他介绍了一个妓女。加纳拒绝了妓女的服侍。

山崎在回家的路上遭到伏击，击退了杀手的山崎在现场找到一把田代的刀子。近藤决定处死田代，并由加纳执行此次任务，派土方岁三和冲田在暗中保护。

夜幕降临，加纳与田代在河边出现了，一场刀光剑影般的争斗开始了。田代明白自己被加纳栽赃陷害，并向乡三郎发起了攻击。加纳战败，加纳嘟囔着，“原谅我……”听到这话，田代软了下来，加纳趁机将其砍死。

守候在河边土方岁三和冲田总司并不明白加纳是如何转败为胜的，冲田在说完“我会记住我有事要做”之后就离开了。土方岁三突然明白不是加纳乡三郎的错，而是他身上那和眼前樱花一样迷人的妖气，他一刀砍断了樱树。同时，远处也传来了冲田总司斩杀加纳乡三郎的刀声……